Marian Pavelka je vedec v CzechGlobe, Ústave výskumu globálnej zmeny AV ČR v Brne.
Vedie oddelenie, ktoré sa zaoberá tokmi látok a energie v ekosystémoch.
Jeho jadrové zameranie je ekológia lesov a kolobeh uhlíka.
Skúma výmenu skleníkových plynov medzi vegetáciou, pôdou a atmosférou.
Využíva fluxové, najmä eddy-covariance merania na observačných vežiach v teréne.
Dlhodobo sa venuje pôdnej respirácii a jej vplyvu na bilanciu CO₂.
Meria pohyb vody v rastlinách (sap flow) a transpiráciu lesných porastov.
Rozvíja a prevádzkuje presné meracie systémy a terénne stanice v rôznych typoch lesov.
Aktívne sa zapája do infraštruktúr dlhodobého monitoringu, vrátane európskej siete ICOS.
Publikuje o tokoch CO₂ a CH₄ a o tom, ako zásahy v hospodárení ovplyvňujú výdych pôdy.
Spolupracuje aj na zahraničných staniciach a popularizuje výsledky výskumu.
Cieľom jeho práce je pochopiť, ako „lesy dýchajú“ a ako zmena klímy mení ich uhlíkovú bilanciu, aby sa dalo lepšie prispôsobiť hospodárenie.